Velkoadmirál Thrawn s pomocí zbytků imperiální flotily zasazuje Nové republice jeden zdrcující úder za druhým. Jeho hlavním trumfem jsou klonovaní vojáci, které získal díky technologii nalezené v císařově tajné pevnosti. Zatímco se Thrawn chystá k rozhodujícímu tažení, Han Solo a Chewbacca usilují o vytvoření spojeneckého svazku pašeráků, který se má pokusit o poslední zoufalý útok proti Impériu, a Leia, připravující se na porod jediských dvojčat, se snaží ze všech sil udržet Novou republiku pohromadě. Republikové armádě tváří v tvář přesile Impéria zbývá poslední naděje – vyslat malou jednotku pod vedením Luka Skywalkera do pevnosti, v níž se nacházejí Thrawnovy klonovací stroje. Tam však číhá hrozivé nebezpečí v podobě Temného Jediho C’baotha, jenž řídí bitvu proti povstalcům a sbírá síly, aby mohl završit svůj plán: zničit Luka Skywalkera.