Jason Bourne pokračuje ve smrtícím zápase se svým úhlavním nepřítelem Arkadinem, ale tentokrát si vymění roli lovce a kořisti. Když Bourne padne do léčky a je vážně zraněn, předstírá svou smrt a mizí ze scény. V bezpečí tajného úkrytu na sebe bere novou identitu a vydává se na novou misi: hodlá zjistit, kdo se ho vlastně pokusil zabít. Ani na chvíli ho ovšem nepřestává pronásledovat otázka, kým vlastně ve skutečnosti je a co by z něj zbylo, kdyby přišel o bourneovskou část své osobnosti.
Ve stejném čase je nad Egyptem sestřeleno americké dopravní letadlo a vše nasvědčuje tomu, že ho zasáhla iránská raketa. Svět tápe, jestli to byla nehoda, nebo akt agrese, a početný vyšetřovací tým se snaží nalézt pachatele dřív, než se situace rozvine v mezinárodní skandál s velmi nebezpečným potenciálem.
Honba za pachateli teroristického útoku se v jednom okamžiku zkříží s Bourneovým pátráním po člověku, který ho chtěl zastřelit. Bourne se tak trochu proti své vůli znovu dostává do situace, kdy mu jde o život. Ví však, že na ústup teď není vhodná doba: svět se ocitl na pokraji války a času není nazbyt…