Armáda locustů je zničena. Obnova lidské civilizace na povrchu Sery začala. Skupiny všehoschopných pirátů si vybírají svou daň, ale Marcus Fenix spolu s ostatními geary je zvyklý čelit nebezpečí bez mrknutí oka.
Zdá se však, že noční můra ještě neskončila. Přinesla s sebou hrůzu, které se bojí i sami locusti a která se šíří po celé zemi až na místo, kde našly poslední zbytky lidstva své útočiště. Gearové musejí spolu s odpadlíky bojovat bok po boku, aby se ubránili novému nepříteli. Jejich taktika boje jim přináší vzpomínky na jiný krvavý konflikt - obležení Anvegadu.